La actualización de Mysql es un proceso asistido en cPanel a través del administrador WHM.

Ingrese en su WHM, es decir http://www.midominio:2087 (cambielo por su dominio o ip)
Busque en la columna izquierda por "Mysql update" o Mysql
Siga el paso a paso según su versión

Recuerde que la actualización es irreversible

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