La actualización de Mysql es un proceso asistido en cPanel a través del administrador WHM.
Ingrese en su WHM, es decir http://www.midominio:2087 (cambielo por su dominio o ip)
Busque en la columna izquierda por "Mysql update" o Mysql
Siga el paso a paso según su versión
Recuerde que la actualización es irreversible